疾控中心實驗室，又稱生物安全實驗室。它是一個設施齊全，功能完備，智能化程度較高，有高度的安全保護措施的新醫療建筑。從其進出的人、材、物都要滿足生物安全標準的要求，排出的空氣（氣體）、水（液體）、廢棄物和垃圾都要達到勞動保護和環境保護的要求。實驗室的實驗品和半成品要嚴格登記備案，要有專門的庫房和車輛，庫房要與實驗室連成一體，車輛要專車專用，并且達到生物安全的標準的要求。
一、設計理念
（1）確定實驗室室內的物理控制對產品、環境和操作人員的保護作用；
（2）確定潔凈區、非潔凈區、污染區和半污染區，以及連帶輔助區的功能和用途；
（3）確定需要封閉或不需要封閉的操作區域；
（4）確定一次屏障、二次屏障的凈化系統方法；
（5）實驗和化驗要合理的分開；
（6）暖通空調、真空、壓縮空氣、供水系統、消毒滅菌要符合GMP的要求；
（7）確定不同區域的氣流流向和流速；
（8）確定原材料、設備、產品和生物廢料的流向；
（9）滿足“三廢”排放標準；
（10）確定人員，特別是關鍵實驗操作人員的流向和控制；
（11）確定防止潛在危害物質釋放的措施；
（12）突發性“故障”的緊急關閉和自救方案；
（13）防火、保衛設施；
（14）備有：電源、通風、控制設施。

二、人流和物流
（1）人流：
初更室→氣閘更衣室→沐浴更衣室→緩沖室→進入實驗室
離開時進入凈身室（房間負壓），脫下身上所有的衣物，衣物放入雙門藥液浸泡柜（或其他方式消毒柜）內（雙門藥液浸泡柜應設計成控制式的，不允許打開）；然后進入淋浴室淋??；淋浴后進入記錄室，登記記錄自己的身體和工作污染情況，然后拿著身體狀況表進入體檢室，做污染和常規檢查或住院觀察，無問題后進入氣閘更衣室換上自己的衣服下班。
（2）物流：
物流設計成單方向性的，從專門的庫房（或暫存間）進入緩沖間，再進入實驗室。離開時必須通過雙門熱壓滅菌鍋進入另一個緩沖間（雙門熱壓滅菌鍋的門應該設計成控制的，不允許同時打開）。任何物料只要進入實驗區，不能沿路返回。
（2）三廢處理：
A、廢液：廢液處理的方法是根據廢液的性質確定處理方法的。一半采用的方法有：化學處理法、物理處理法、生物處理法。
B、廢氣：廢氣處理可采用的方法有：加熱滅菌方法、高效過濾器方法、混合滅菌方法、火焰滅菌方法等。
C、固體廢料：固體廢料處理的方法有：蒸汽滅菌方法、氣體熏蒸方法、液體浸泡方法、輻射滅菌方法、焚燒處理方法。
三、設計方案
疾控中心實驗室的建設是一個工作極細、專業極強、施工技術極高的生物醫療工程，設計中還要注意到：
（1）征求使用者和操作者的意見，確定工藝流程圖；
（2）按照四類病原體的特性和污染途徑設計滅菌殺菌方案；
（3）根據氣溶膠特性和實驗操作的危險，制定出潔凈度、氣流流向、流速確定控制技術方和壓力梯度參數；
（4）有實驗動物的實驗區自成一區，獨立傳遞，動物尸體要完全焚尸滅菌后，才能傳出；
（5）確定所有的實驗設備、工具、箱柜、臺案數量和尺寸；
（6）確定實驗室的預警、關閉、自救和逃生方案。
不同的實驗科目，采取不同的潔凈技術手段，如放射性元素的實驗室凈化，就區別于其他的實驗凈化。在制造凈化設備時，在結構上安裝防輻射線穿透的材料，根據放射性元素的慣性和擴散原理，采用霧化離心技術，并且根據放射性元素的衰變周期來決定排放控制方法和時間。在制造凈化設備時，可以安裝機械手和電視監控系統。疾控中心實驗室要求高水平的自動化控制系統和安全報警系統，有的房間要設立平衡壓力的值班風機，要害房間安裝緊急關閉系統和自救逃生系統，確保疾控中心實驗室的安全使用。